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　　案情简介：2014年10月份，税务机关在对某工业企业进行税务检查时发现，该公司2013年转让其所持有的某房地产企业股权投资，取得股权转让收入5648万元，企业将被投资企业的留存收益部分按持股比例从股权转让收入中扣除648万元，同时减除初始投资成本4500万元，确认应纳税所得额500万元进行企业所得税申报。税务机关经核实确定将已扣除的被投资企业的留存收益部分进行纳税调增，调增应纳税所得额648万元，责令补缴企业所得税162万元、加收滞纳金12.15万元，并处少缴税款百分之五十罚款81万元。

　　税法分析：国家税务总局《关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函〔2010〕79号）第三条规定，企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。因此，该公司的股权转让收入不得按持股比例扣除被投资企业留存收益部分，应调增应纳税所得额，缴纳企业所得税。